如果银行业金融机构清分中心发现并确认是100元面额假币，应该按照以下步骤处理：

1. 立即报告当地人民银行分支行，同时保留假币以供进一步调查。
2. 开始调查以确定假币的来源，并确保所有相关证据都被妥善保存。
3. 遵循当地人民银行分支行的指示进行处理。可能的情况是，将假币上交，并等待进一步的指示如何处理。

假币是一种严重的犯罪工具，应该采取一切必要措施来打击它。此外，银行业金融机构在处理类似情况时，应该遵循相关法律法规，确保合法性和合规性。