员工报销咨询服务培训费金额过大，具体如何做账可以参考以下步骤：

1. 取得相关发票或凭证，确认费用发生的真实性。
2. 依据费用性质，将其记入对应科目，如管理费用、销售费用等。对于咨询服务费，可能记入“管理费用——咨询服务费”等相应科目。
3. 结合公司实际情况，判断大额费用是否需要特殊审批。如果是大额支出，可能会影响到公司的现金流量和利润情况，可能需要提交到董事会或股东大会进行审议。
4. 及时入账并结转相应损益，根据实际情况选择用以前年度结余或本期收入进行支付。

请注意，实际操作中，应严格遵守企业会计准则和公司制度，确保会计处理的准确性和及时性。