有限合伙人出资5000万元，持股比例10%，不能划分为其他权益工具投资的原因可能如下：

1. 有限合伙人出资属于出资义务，应当计入到公司的注册资本，而非其他权益工具投资。
2. 出资5000万元后，有限合伙人将享有有限合伙人的权益，包括分享公司利润、承担有限合伙风险等，这与其他权益工具投资的理念和实际收益存在差异。
3. 出资比例10%可能超过了其他权益工具投资在公司的持股比例规定。

具体分类需要参考公司章程、会计准则等相关规定。如需具体解释，建议咨询专业会计师或律师。