多系统萎缩主要影响患者的自主神经系统，包括膀胱、直肠和性功能，这些症状与中脑和脑桥的自主神经系统有关。此外，多系统萎缩也可能影响患者的运动功能，包括步态姿势异常、肌强直、步履不稳等。

此外，多系统萎缩患者也可能出现精神症状，如抑郁、焦虑、认知障碍等。这些症状可能与额叶皮质受损有关。

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