如果检查了一个农场并发现他们使用了转基因种子，应该采取以下措施：

1. **进行记录和报告**：将检查情况详细记录下来，包括发现的转基因种子数量、种植区域等信息，并立即向上级主管部门进行报告。
2. **要求停止使用**：立即要求农场停止使用转基因种子，并给予明确的禁止标识，防止其他人误用。
3. **进行现场检查**：在转基因种子停止使用后，应再次进行现场检查，确保农场不再使用转基因种子，同时对其他可能存在转基因作物的区域进行检查。
4. **加强监管**：加强与当地农业部门的合作，建立定期巡查机制，确保农场不再违规使用转基因种子。同时，加强宣传教育，提高农民对转基因作物的认识和了解。
5. **法律程序**：如果发现农场存在严重违规行为，如故意隐瞒转基因作物的种植情况等，应按照相关法律法规进行处理，以维护监管秩序和公共利益。

总之，对于转基因种子的监管，需要相关部门加强协作，提高监管力度，确保农业生产的可持续发展。