如果员工原本表示干长期，公司也按长期工资支付，但员工在干了三个月后突然离职，公司的处理方式取决于与员工之间的合同条款。

1. 确认合同细节：仔细查看劳动合同中的条款，找出与员工薪酬、工作时间、解雇条款和提前离职规定等有关的内容。
2. 沟通：与员工沟通，了解他们突然离职的原因，如果是因为不可抗力的因素，那么双方需要友好协商，根据合同内容支付相应的薪资和服务期限。
3. 损失处理：如果公司为员工提供了三个月的培训和适应期，那么公司可能存在一定的经济损失。公司应该就此事与员工进行一次友好而坦诚的对话，并了解员工对此事的看法和感受，以及他们公司的补偿方案。
4. 记录：所有与员工的对话和协商过程都应该被记录下来，以备日后可能存在的法律纠纷。

总的来说，公司应该保持友好、尊重和理解的态度，以尽量减少与员工的冲突和矛盾。如果双方无法协商解决，可能需要寻求法律途径来解决争议。