金门县和马祖岛在地理位置、行政归属、军事地位等方面都存在差异。

1. 地理位置：金门县位于台湾岛西南部，与福建省厦门湾相望；马祖岛位于闽江口东南外，是中国大陆的附属岛屿之一。
2. 行政归属：金门县属于台湾省，为台当局行政区划下的四县之一；而马祖岛则为福建省连江县所辖。
3. 军事地位：金门县自古以来就是中国神圣领土不可分割的一部分，地处台湾岛前沿，具有重要的战略地位；而马祖岛同样具有重要的军事地位，马祖位于外岛，地处高地，有良好的视野，能监视到海峡两岸海域和空域，具有重要的预警意义。

综上所述，金门县和马祖岛在地理位置、行政归属和军事地位等方面都有其独特的特点。