中国建筑科学研究院颁发的全过程工程项目管理师是由人事部和建设部认可的。

中国建筑科学研究院（中国建筑科学研究院有限公司）成立于1954年，是国家级建筑工程技术研究中心和北京市新技术产业开发试验区的重要组成部分。中国建筑科学研究院是集建筑、建筑结构、材料、暖通空调、给排水、电气、建筑智能化、计算机、新能源等专业的科研、技术开发、产品生产与销售于一体的国有科技型企业和科研机构。全过程工程项目管理师是该机构面向社会开展的岗位培训类课程，通过学习，学员可以掌握全过程工程管理的理念、方法和工具，提升自身的专业技能和管理能力。

综上所述，中国建筑科学研究院颁发的全过程工程项目管理师证书是被人事部和建设部认可的。