空调12点钟开始咚咚响，一个小时后停止，可能有以下几种原因：

1. 空调外壳热胀冷缩。空调刚开机时，室内机塑料膨胀导风片不会立即打开，导致塑料外壳膨胀，发出声音，过一个小时后，声音就会消失。
2. 灰尘堵塞。如果使用空调的房间比较脏，灰尘会堵塞空调格栅和蒸发器格栅，导致空调运行时产生共振。
3. 配管系统。空调的室内机和室外机之间的管道连接非常重要，如果施工不良或者材料质量不达标，会导致管道抖动，产生噪音。
4. 风扇运转。如果空调的铜管在安装时导致冷凝水渗漏或局部滴水，水可能会冻结在风扇罩或室外机器上引起“咔哒”声。在这种情况下，需要让专业人员进行维修。

要找出问题的根源，建议您向专业的空调维修人员寻求帮助。他们会有更准确的判断和解决方案。