脚指甲分层、有横纹并且疼痛，可能的原因包括：

1. 营养问题：例如维生素或矿物质缺乏，可能导致指甲生长异常，出现横纹或分层。
2. 疾病影响：某些疾病，如银屑病、扁平苔藓、慢性炎症、痛风等，可能波及到指甲，使指甲出现分层和横纹。
3. 真菌感染：即俗称的灰指甲，也可能导致指甲出现分层和横纹。
4. 外伤：脚趾甲被重物砸到或受到外伤撞击，可能导致指甲分层和横纹。

这种情况，建议咨询医生，根据具体病因和病情，采取相应的治疗措施。同时，可以采取以下措施有助于缓解症状：保持指甲干燥和清洁；避免剧烈运动导致指甲再次受伤；选择宽松、透气的鞋袜；合理饮食，补充维生素和矿物质。

希望以上信息可以帮到你。