填写小额建设工程免扣分申请理由可以参考以下内容：

1. 申请事由：由于本次工程规模较小，工程量不大，预算成本较低，因此申请免扣分。
2. 原因解释：本次工程未能达到扣分标准，主要是因为工程规模较小，没有达到扣分的要求。同时，本次工程的质量和进度也得到了业主和相关部门的认可，没有出现任何质量问题。
3. 解决方案：为了确保类似情况不再发生，我们将加强工程管理，提高工程质量，确保工程进度符合要求，同时加强与业主和相关部门的沟通，及时反馈问题，确保问题得到及时解决。
4. 承诺责任：本人在此郑重承诺，如有违反上述内容，愿意承担相应的责任，并接受相关部门的处理。

根据实际情况，您可以根据实际情况填写申请理由。