新版贵州电子税务局已预缴的增值税操作如下：

1. 登录电子税务局，进入纳税申报页面。
2. 根据经营所得的申报类型，正确填写申报表。
3. 报表填写完毕后，点击申报按钮，系统会弹出提示框，告知企业所得税预缴已成功申报。

通过以上步骤，即可完成贵州电子税务局已预缴的增值税的操作。