如果小规模企业出售自有房产，出现增值税差额，财务做账处理方式如下：

1. 收到售房款，账务处理如下：
借：银行存款
贷：主营业务收入
应交税费——应交增值税
2. 结转成本，账务处理如下：
借：主营业务成本
贷：固定资产
3. 计提税费（营业税、城建税及教育费附加）时，账务处理如下：
借：营业税金及附加
贷：应交税费——营业税
应交税费——城建税
应交税费——教育费附加

以上处理方式仅供参考，在具体操作时，需要根据企业会计准则和相关法规进行。如果有疑问，建议咨询专业的会计师，以获取更准确的财务处理方式。