卫生院收到医保回款时，如果出现差额，具体的账务处理取决于差额的性质和来源。以下是一些可能的情况和相应的处理方式：

1. 医保回款金额与医疗费用金额不一致：这种情况下，卫生院只需要将实际收到的医保回款金额入账即可。如果回款金额大于医疗费用金额，差额部分应作为收入处理；如果回款金额小于医疗费用金额，则需要冲减相关费用或收入。
2. 医保回款金额被扣除了部分医疗费用：如果卫生院参与了医保费用报销的扣除过程，那么在收到医保回款时，需要将扣除的医疗费用金额加回来。这笔金额应该作为支出处理。
3. 医保资金扣款有差额：有些情况下，卫生院可能会因为一些违规行为被医保机构扣款，如多收费、误诊等。这种情况下，卫生院需要将扣除的差额部分进行冲减或作为损失处理。具体的处理方式需要根据卫生院的会计政策和内部规定来确定。

无论哪种情况，卫生院在进行账务处理时，都应该遵循相关的会计准则和税务规定，确保账务处理的准确性和合规性。同时，卫生院还应该及时与相关部门或机构进行沟通，了解差额产生的原因和责任归属，以便及时进行账务调整和处理。