循环水养殖中侧排箱的主要作用如下：

1. 将养殖系统中的废水和固体物质排出系统外，减轻系统负荷。
2. 通过调整侧排箱中的水位和水流速度，可以对养殖系统内水体进行一定的循环和混合，有助于维持水质稳定。
3. 在侧排箱中加入适当的生物膜，可以利用微生物分解废污物，提高净化效果，进一步降低养殖系统的污染负荷。

因此，循环水养殖中侧排箱的作用是减轻系统负荷、维持水质稳定以及提高净化效果。