手指甲缝有刺痛感可能有多种原因：

1. 外部刺激：例如，过度修剪指甲、指甲周围皮肤刺激和摩擦导致局部糜烂，这可能导致刺痛。
2. 感染：某些细菌、真菌感染或病毒（如微小孢子菌、甲沟炎等）感染可能导致指甲周围组织疼痛。
3. 过敏反应：某些物质，如化妆品、指甲油、某些抗生素等，可能导致指甲周围的皮肤过敏，引发刺痛。
4. 神经受压：颈椎病或周围神经病变等可能导致神经受压，放射至指甲缝，引发刺痛。
5. 痛风石：如果手指关节出现痛风石，也可能引发刺痛感。

如果这种刺痛感持续存在，建议寻求医生帮助以获取正确诊断和治疗建议。