如果证实股东虚假年报，合同的处理方式取决于具体情况。

1. 如果合同是在虚假年报被发现之前已经生效并执行，那么合同应该继续有效。在这种情况下，合同责任与年报真假无关。
2. 如果合同是在虚假年报被发现之后签订的，那么情况就会复杂一些。在这种情况下，可能需要考虑合同中的条款和条件，以及是否存在欺诈、误解或疏忽等因素。如果合同条款明确规定了对这种情况的处理方式，那么应该按照合同条款行事。如果合同没有明确规定，可能需要寻求法律咨询，以确定合同的有效性和应如何执行。
3. 如果涉及到违约责任，那么虚假年报可能会成为考虑因素。这可能会影响到违约责任的性质和程度，因为股东的违法行为可能会影响公司的信誉和经营状况。

总之，最好的做法是积极与合同方沟通，寻求法律咨询，并按照法律程序处理这个问题。同时，也应该提醒股东遵守法律法规，避免类似的违法行为再次发生。