T细胞受体概论

作者
(美)M.P.勒弗拉克等著 李懿等译
丛书名
新生物学丛书
出版社
科学出版社
ISBN
9787030577085
简要
简介
内容简介 人类T细胞受体(TCR)通过识别递呈到细胞表面的抗原肤与人类白细胞抗原的复合物,帮助机体识别“自我”或“非我”,是免疫体系的核心组成部分。本书系统地介绍了TCR的结构和生物性质、TCR的合成及其在染色体上的定位。同时,为了方便读者查阅,本书根据IMGT相关信息总结出TCR基因列表,每章节列出一个或一组TCR等位基因的基因名称、序列及V基因的二级结构珠状图。
目录
1 绪论 12 T细胞受体结构和生物学特性 123 T细胞受体链的合成 364 染色体定位、基因座组织结构与潜在库 64Ⅰ 人类T细胞受体TRA基因第1部分 TRAC 93第2部分 TRAJ 97第3部分 TRAV 105Ⅱ 人类T细胞受体TRB基因第1部分 TRBC 201第2部分 TRBD 207第3部分 TRBJ 209第4部分 TRBV 213Ⅲ 人类T细胞受体TRG基因第1部分 TRGC 339第2部分 TRGJ 351第3部分 TRGV 355Ⅳ 人类T细胞受体TRD基因第1部分 TRDC 381第2部分 TRDD 385第3部分 TRDJ 387第4部分 TRDV 389

书摘  《T细胞受体概论》:
  1 绪论
  1.1 《T细胞受体概论》的适用范围
  《T细胞受体概论》的主要目的是提供用于构建人类T细胞受体库的人类胚系T细胞受体基因,包括168个基困和271个等位基因的条目,共393条序列(第Ⅱ部分)。在这些条目之前有4个介绍性章节(第Ⅰ部分)。其中第1章定义了基于国际免疫遗传学数据库(IMGT)科学图表[1]和IMGT-肿瘤学概念[2]的数据的内容和数据的选择标准;第2章是人类T细胞受体结构和生物学属性的简要介绍;第3章对人类T细胞受体链合成的分子机制进行了总结;第4章,作为IMGT的一个重要贡献,提供了人类T细胞受体胚系基因库的完整描述。
  1.2 数据选择
  这些T细胞受体基因包括所有位于4个主要基因座且至少拥有一个功能性或可读框(open reading frame,ORF)等位基因的人类T细胞受体的恒定基因、胚系可变基因、多样性基因和连接基因。所选资料来自IMGT,即由M.-P. Lefranc(法国蒙彼利埃第二大学,法国国家科学研究中心)于1989年建立于蒙彼利埃的国际免疫遗传学数据库。更多资料来自于IMGT/LIGM-DB数据库和IMGT库。单项记录的选择标准的定义请见IMGT-科学图表和IMGT-肿瘤学中的“鉴定”与“分类”概念,其中一些概念简要概括如下。
  1.2.1 鉴定概念
  “鉴定”的概念使科学家可根据基本生物学和免疫遗传特征识别T细胞受体序列,具体如下。
  1.2.1.1 分子类型
  有3种情况:基因组DNA、cDNA和蛋白质。
  1.2.1.2 基因类型
  T细胞受体合成中包含编码抗原结合位点的4类基因:胚系可变(v)基因、多样性(D)基因、连接(J)基因及编码具有效应属性部分多肤链的恒定(c)基因。
  1.2.1.3 构型
  构型定义基因的状态“胚系”或“重排”的V、D和J基因构型。这一概念特别重要,因为它只适用于免疫球蛋白和T细胞受体V、D和J基因。注意C基因未直接重排,因此未定义其构型。
  1.2.1.4 链型
  链型描述T细胞受体基因编码的多肤链的性质。根据C基因序列特征它们可以被定义为4个主要类型:TCR-α、TCR-β、TCR-r和TCR-δ。
  1.2.1.5 功能性
  功能性的定义以序列分析为基础。例如,功能性(针对胚系V、D、J和C基因)及生产性(针对重排V-J-C和V-D-J-C序列)意味着编码区拥有不含终止密码子的可读框,且剪接位点中没有已被发现的缺陷和(或)重组信号和(或)调控元件。根据已被发现的缺陷的程度,可将功能性定义为0盯、伪基因或退化(针对胚系V、D、J和C基因)。完整定义见IMGT科学图表。
  1.2.2 分类概念
  “分类”的概念(图1-1)可用来整理免疫遗传知识,方便T细胞受体(TR)基因的命名和分类。
.  图1-1 IMGT-肿瘤中的“分类”概念
  1.2.2.1 基因座
  基因座是在给定物种中有序定位于相同染色体位置上的一组T细胞受体基因。人类基因组包括4类主要T细胞受体基因座:TRA(14q11.2)、四B(7q34)、TRG(7p14)和TRD(14q11.2),最后一个基因座混杂于四A基因座内。T细胞受体基因在有别于主要TCR基因座的其他染色体位置上也有发现,然而这些基因座里的TCR基因被称为孤儿基因,不具备功能性。
  1.2.2.2 群
  群是一组共有相同“基因类型”(v、D、J或C)并潜在参与相同“链型”肤合成的基因。引申开来,群包括相关伪基因和孤儿基因。
  1.2.2.3 亚群
  亚群是一组属于相同群的基因,在给定物种中亚群在核苷酸水平上(在V、D和J的胚系构型中)至少有75%相同。
  1.2.2.4 基因
  基因是指可被潜在转录和(或)翻译的DNA序列(有时该定义包括5'端、3'端的调控元件和内含子)。“基因”概念的实例为基因名称。引申开来,孤儿基因和伪基因也是“基因”。对于每个基因来说,IMGT己定义一个参照序列问。对V、D和J基因来说,参照序列对应胚系基因实体。参照序列的选择规则见IMGT科学图表。
  1.2.2.5 等位基因
  一个等位基因是一个基因多型性变种中的一个。等位基因以标准化的方式对T细胞受体基因的4个“核心”编码区,胚系V区、D区、J区和C区进行描述,这些等位基因与被指定为01的参照序列比对(请参见IMGT科学图表对于突变的IMGT的说明,以及对于序列多态性的IMGT等位基因命名法)。
  由于T细胞受体V区通常不会发生体细胞高频突变,如果一个胚系基因尚未被分离到,那么其重排后的基因组DNA或cDNA仍会被用于TCR等位基因的比对。注意,TRV区的CDR3-IMGT中的核苷酸突变和氨基酸变化在描述等位基因多型性时未考虑。
  1.3 资料说明
  单独基因条日的描述基于IMGT-ONCOLOGY中描述的概念,对V区来讲,这意味着需要设置IMGT编号。
  ……
  

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