内蒙古农民工实名制费用计取通常是按照单位工程进行计算的。这是因为单位工程是施工图设计文件中所示的独立或组合而形成的，具有独立功能的建筑物或构筑物的规模，包括单项工程和单位工程的划分，是一项工程的主要构成部分。实行项目工程费用核算的过程中，往往将一个整体的项目分解为若干个单位工程进行核算。而项目，是由若干相互联系和相互作用的部分及子系统，按一定规则组合而成的总体。由于工程项目的庞大性和复杂性，对其进行完整核算并不现实。

然而具体的规定可能会根据地区和行业有所不同，建议咨询相关部门以获取准确信息。