退出煤矿在回撤设备科室人员配备不齐可以算作一个重大隐患。

具体来说，这可能涉及到安全生产法规和煤矿作业规范等方面的问题。如果一个煤矿在回撤设备时，其相关科室人员配备不齐或人员素质不足，可能会影响作业的安全性和效率，甚至可能引发事故。因此，煤矿管理层应该加强对作业现场的监管，确保相关科室人员配备齐全，具备相应的技能和知识，以保障作业的安全和顺利进行。

但是，具体是否构成重大隐患，还需要考虑当地的法规和政策，以及具体的作业环境和条件。如有疑问，建议咨询相关专业人士。