行政单位资金使用效率的文件主要包括：

1. 《行政单位财务规则》：这是财政部发布的部门财务规章制度，其中对行政单位的财务管理、财务监督、资产管理等方面进行了规范，对行政单位的资金使用效率进行了明确规定。
2. 《关于进一步提高科技创新能力促进高质量发展若干政策措施》（财税〔2020〕35号） ：这一文件中，要求严格控制“三公”经费支出预算，保障行政单位在日常运转和完成目标任务方面实现更高的资金使用效率。

总之，在提高行政单位资金使用效率方面，相关部门不断出台相关文件和政策，以规范财务管理、加强财务监督、优化资源配置等方式，推动行政单位提高资金使用效率，保障公共服务的有效供给。