新生儿耳畸形可以通过以下几种方式进行检查：

1. **观察耳朵位置**：耳朵的正常位置应该在头部两侧，与眼睛呈一定角度。如果耳朵位置过低或过于靠近头部，可能是耳畸形的一种表现。
2. **检查耳朵形状**：正常的耳朵形状应该比较圆润，耳廓和耳道形态完整。如果有明显的耳廓缺失或耳道异常，可能是有耳畸形问题。
3. **触摸耳部结构**：如果怀疑新生儿有耳畸形问题，可以轻轻触摸其耳朵部位，观察是否有异常凸起或凹陷。
4. **借助医疗设备**：现代医学技术有很多检测耳畸形的仪器和手段，如耳部X光片、CT等，可以更准确地判断耳部结构是否正常。

需要注意的是，新生儿耳畸形问题可能比较轻微，随着年龄的增长，耳朵形态可能会逐渐恢复正常。因此，如果怀疑新生儿有耳畸形问题，建议及时就医，寻求专业医生的建议和治疗。