南港工业区通行证货车的办理流程如下：

1. 货车车主提前预约通行证办理时间。
2. 在预约时间段内，货车车主携带身份证、驾驶证、行驶证和车辆保险材料到港龙公路物流公司门前办理通行证。
3. 货车车主向港达物流公司递交申请材料，包括身份证、驾驶证、行驶证、车辆保险材料以及南港工业区的营业执照和相关证明文件等。
4. 等待审核结果，如果通行证办理申请通过，就会发放《准予通行》单，若失败，则需等待工作人员告知原因。

需要注意的是，通行证的申请需要符合南港工业区的相关规定，否则申请可能会被拒绝。同时，为了不耽误正常的生产活动，建议货车车主在申请通行证前，充分了解南港工业区的通行证政策，并尽可能提前申请，以免影响正常的生产活动。