在全国教师管理系统-个人自助子系统更新论文时出现数据重复，可以尝试以下几种解决办法：

1. 检查是否是输入错误：请仔细核对更新的信息，确保没有输入错误，如姓名、论文标题等。
2. 重新提交：如果确认是数据重复，可以尝试重新提交更新，系统可能会覆盖之前的提交。
3. 与管理员沟通：如果问题依然存在，可以联系管理员，说明情况，寻求帮助解决问题。
4. 寻求其他途径：如果管理员的帮助仍不能解决问题，可以向更专业的信息管理机构寻求帮助，例如通过电话、邮件等方式。

同时，为了保证数据的准确性，您可以了解该系统的使用方法，确保下次更新时避免重复出现数据重复的问题。同时，为了确保您的论文被正确识别和保存，请确保您输入的信息准确无误。希望这些建议对您有所帮助。