代开发票失败，商品明细行汇总金额与合计金额误差大余0.01，可能有以下几种原因：

1. 数据错误：可能是发票数据填写错误，或者是系统数据读取错误，导致合计金额小数点后的数字误差存在。
2. 政策法规问题：可能是在发票开具过程中的政策法规规定不够明确，导致系统或人工判断数据出现误差。
3. 税额计算问题：在计算税额或退税时，可能出现微小的计算错误。
4. 系统或网络问题：也有可能是系统或网络出现故障，导致数据传输出现误差。

为了解决这个问题，建议联系开发票的税务机关寻求帮助，他们能提供具体的解决方案。同时，也需要核实系统数据和纸质发票，确保问题的准确性和合理性。