股东以农业入股需要缴纳个人所得税、增值税等税种。这是因为农业入股实质上是一种投资行为，根据税收法律规定，投资收益通常需要缴纳所得税。

具体来说，股东以农业入股所涉及的税种和税率可能会因具体情况而异，需要参考相关税收法规和政策。在缴纳税款时，股东应当按照税务机关的规定如实申报缴纳，并提交相关资料。

另外，需要注意的是，不同地区的税收政策可能存在差异，因此股东在投资前应当充分了解当地的税收政策，以便合理规划税收事宜。