在上海市松江区办理居住证积分时，对于违反计划生育情况的核查通常是由政府相关机构通过以下几种方式进行的：

1. 户籍地计生证明：申请人户籍地所在的计生部门会出具相关的计划生育证明材料。
2. 婚姻生育证明：通过核实申请人的婚姻生育情况，确认是否违反计划生育政策。
3. 医院检查证明：对于违反计划生育政策的情况，政府会要求申请人提供相关的检查证明材料，以证明其已接受计划生育政策。
4. 社区调查：松江区政府可能会对申请人的居住地进行社区调查，了解申请人是否遵守计划生育政策。

总的来说，办理居住证积分时，计划生育项的核查是一个严谨的过程，需要申请人提供相应的证明材料，同时也可能会受到社区、计生部门等其他相关方的调查和核实。建议在办理前咨询相关部门，获取详细的信息并按照要求提交相关材料。