药品经营企业质管部给予盈亏考核是否合适，需要考虑多个因素。

首先，盈亏考核是一种常见的企业管理手段，用于激励员工的工作积极性和效率。在药品经营企业中，质管部作为质量管理的重要部门，其工作质量和效率直接关系到企业的整体质量水平和经济效益。因此，对质管部进行盈亏考核可以激励部门员工更加认真负责地开展工作，提高工作质量和效率。

然而，盈亏考核并不是唯一的考核方式，特别是在药品经营企业中，质管部的工作不仅关系到企业的经济效益，还涉及到公众的健康和安全。因此，在给予盈亏考核的同时，还应该考虑其他方面的考核指标，如部门员工的专业素质、团队协作能力、质量管理体系的建立和执行情况等。这些指标不仅能够帮助企业更好地了解部门的工作状况，还能够促进部门员工不断提高自身素质和能力，为企业的长期发展做出贡献。

总之，在药品经营企业中，对质管部给予盈亏考核是一种可行的管理手段，但需要结合其他方面的考核指标，确保部门工作的全面性和有效性。同时，企业还应该注重对质管部的支持和引导，为其提供必要的人力、物力和财力资源，确保部门工作的正常开展和实施。