自然人独资的建筑公司，需要在电子税务局上申报关联交易。建筑公司与其他企业之间存在关联交易，需要按照税收法规的规定，向税务机关申报并履行相关纳税义务。在电子税务局上，建筑公司可以通过网上申报系统向税务机关提交关联交易申报表，并按照要求填写相关申报表格和提供相关资料，以便税务机关审核。同时，建筑公司还需要遵守税收法规的其他相关规定，如按时申报纳税、提供财务报表、接受税务稽查等。