自然人独资的建筑公司在企业所得税汇算清缴时，是否需要在电子税务局申报关联交易，取决于当地的税收法规和具体税务政策。

一般来说，关联交易是跨国企业集团内部公司之间的交易，与一般交易相比，它可能受到更为严格的税收法规和监管机构的监管。因此，如果您的公司涉及关联交易，您应该了解并遵守相关的税收法规和政策，以确保您的公司合规经营。

建议您咨询当地的税务部门或专业人士，以获取更具体和准确的信息。