是的，建村部发生的动迁费应该计入在建工程。在建工程是指企业固定资产的新建、改建、扩建，或技术改造、设备更新和大修理工程等尚未完工的工程支出。动迁费是企业为了建造固定资产而发生的费用，应该按照会计准则的规定，计入在建工程科目中。