公司有业务费用考核标准，但超出后不给报销，公司准备扣年终奖，这样的安排是否合理，取决于多个因素。

首先，公司的业务费用考核标准应该是在合法且合理范围内制定的。它应该能够公正地反映公司的实际运营成本，同时也考虑到业务的实际需要。如果这个标准过于严格，或者在实际操作中存在不公平、不公正的情况，那么超出部分不给报销，公司准备扣年终奖的安排可能会引起员工的质疑和不满。

其次，年终奖的设定和发放通常是由公司根据其自身的政策和规定来执行的。如果公司的规定中明确说明了超出业务费用考核标准的费用报销不予报销，并且影响年终奖，那么这一安排可以在公司的管理权范围内，是合理的。

然而，从员工的角度来看，如果因为超出业务费用而无法报销费用，导致年终奖被扣，这可能会被视为公司管理上的一个问题，员工可能会对此提出质疑。

总的来说，这个安排是否合理取决于具体的规定和情况。建议根据公司政策、公司文化和员工反馈等多方面因素来综合考虑。