水土保持补偿费征收过程中与税务部门可能存在以下问题：

1. 沟通协调不畅：水土保持补偿费和相关税费可能涉及多个税种，需要税务部门与相关政府部门之间加强沟通协调，以确保征收工作的顺利进行。
2. 征管方式不适应：税务部门在征收水土保持补偿费时，可能需要考虑到不同行业、不同企业的特点，采取更加灵活、个性化的征管方式，以适应实际情况。
3. 信息共享不足：水土保持补偿费征收工作需要依赖于相关政府部门之间的信息共享，如土地使用权信息、企业登记信息等。如果信息共享不足，可能会影响征收工作的准确性和效率。
4. 执法力度不够：税务部门在征收水土保持补偿费时，可能存在执法力度不够的问题，导致一些企业或个人逃避缴纳费用。这需要税务部门加强执法力度，加大对违法行为的处罚力度。

为了解决这些问题，税务部门可以采取以下措施：

1. 加强与相关部门的沟通协调，建立有效的信息共享机制，确保征收工作的顺利进行。
2. 优化征管方式，针对不同行业、不同企业采取更加灵活、个性化的征管方式，提高征收效率。
3. 加强执法力度，加大对逃避缴纳水土保持补偿费等违法行为的处罚力度，确保征收工作的有效实施。
4. 建立和完善监管机制，加强对水土保持补偿费征收工作的监督，确保征收工作的合法、公正、透明。

总之，税务部门应该加强与相关部门的合作，优化征收方式，加大执法力度，以确保水土保持补偿费的征收工作能够顺利进行。