离婚后一人一个孩子，男方需要付抚养费的协议是有法律效应的。这个协议是双方在自愿、平等的基础上，经过充分协商，达成的一致意见，并且双方都已经签字认可，符合法律规定的合同生效条件，因此具有法律效应。

根据《中华人民共和国婚姻法》的规定，离婚后，不直接扶养子女的一方有权利支付抚养费，并且抚养费的标准应当按照法律的规定和双方的协议来确定。如果男方没有按时支付抚养费，女方可以向人民法院提起诉讼，要求男方支付抚养费。

需要注意的是，协议只是双方达成的一种合意，如果男方不履行协议内容，女方可以通过法律途径来维护自己的权益。因此，建议双方在签订协议时，应当充分考虑各种可能的情况和风险，确保协议的可行性和法律效力。