个体户已付款未开票的处理方法如下：

* 继续找对方索要发票。如果对方还是拒绝开票，则要警惕是否对方存在问题，或者对方只是要求先付钱再开发票。
* 自行备注。当再次让对方开票时，可以请求对方直接在发票上备注“此款已付，发票未开”等字样。
* 双方协商一致处理。如果金额小，可以跟对方沟通能否后期连开，如果不行就自己购买税控设备和打印设备自己开发票。

一般情况下，只要是正规商家，都会提供发票的，请尝试以上方式沟通。如果还有问题，建议咨询专业人士以便做出更合适的决策。