身体疼痛但经过全面检查未发现任何问题，可能有以下可能：

1. 疼痛可能与某种应激有关，全面检查可能没有反映出实际情况。
2. 疼痛可能是由于身体局部肌肉或软组织积累性损伤所引起的。然而，积累性损伤通常不会影响全身检查，因此可能没有在检查中显现出来。
3. 疼痛可能是由于神经敏感度较高引起的，全身检查无法查看到神经系统的情况。
4. 有时候，疼痛可能是由于心理因素引起的，虽然主观感觉是身体疼痛，但实际上可能并没有器质性的病变。

如果确实存在身体不适，应该及时咨询专业医生进行诊断。